Игра просто супер!
Игра начинается со вступления, где игрок играет за Итана Марса, в жизни которого наступила трагедия: его 10-летний сын Джейсон отделился от него, когда они были в большом универмаге, вышел на улицу и перешёл через дорогу на другую сторону. Когда отец наконец его нашёл, мальчик побежал ему на встречу, и в этот момент на него понеслась машина. Итан пытается его спасти, но всё заканчивается неудачно, и Джейсон погибает, а сам Итан впадает на полгода в кому. Проходит два года. Итан винит себя в смерти сына и находится в состоянии сильной депрессии, что приводит к его разводу с женой и к тому, что его другой сын Шон, с которым Итан видится только по выходным, совсем в нём разочаровывается. С того дня Итана мучают страх перед толпой и провалы в памяти, которые длятся по нескольку часов. Однажды Итану по почте приходит странное письмо с коротким текстом, в котором рассказывается про семейную пару, которая, вернувшись из церкви, не застала дома своих детей и нигде не смогла их найти. А спустя некоторое время, когда Итан с Шоном гуляли в парке развлечений, у Итана вновь случился провал в памяти, и когда он очнулся, то обнаружил, что Шон исчез. В полиции приходят к выводу, что Шона похитил таинственный серийный убийца «Мастер оригами» (англ. Origami killer), который объявился несколько лет назад. Его жертвы — маленькие мальчики в возрасте от 9 до 13 лет. Все мальчики похищались в осенний дождливый сезон, а их тела обнаруживались спустя несколько дней. Причина смерти у всех была одна — ненасильственное утопление. В руках у каждой жертвы была найдена фигурка оригами, а на груди лежала орхидея. Время смерти у всех было где-то несколько часов до обнаружения. Убитых мальчиков связывает только одно — они все из бедных кварталов и, по сути, никому не нужны. Агент ФБР Норман Джейдэн, который приставлен в помощь полиции, считает, что наличие орхидеи на груди и отсутствие физического насилия (жертвы не были избиты или зарезаны) говорит о том, что убийца явно раскаивается в своём поступке. Джейдэн также приходит к выводу, что поскольку похищения происходили в дождливые сезоны, то дети явно помещались в ёмкость, которая затапливалась водой во время выпадения плотных атмосферных осадков. А это значит, что у них меньше трёх дней, чтобы спасти Шона. Чтобы укрыться от СМИ, Итан переезжает жить в мотель. В конверте с той странной запиской он находит квитанцию из камеры хранения на местном вокзале. Придя туда и отыскав нужную ячейку, Итан находит в ней обувную коробку. В коробке — пистолет, мобильник и пять фигурок оригами. В телефоне он находит видеоролик, в котором Шон находится в закрытой решёткой яме с водой. Также в телефоне содержится послание — если Итан хочет спасти сына он должен пройти ряд тяжёлых испытаний, инструкции к которым написаны на обратной стороне каждой из фигурок. В конце каждого испытания он будет находить маленькую информационную карту, которую нужно вставлять в телефон, после чего на экране высветится несколько букв названия того места, где находится Шон. Между тем, испытания представляют собой настоящую угрозу для жизни, связанную как с огромным риском, так и с физическим насилием (в одном из испытаний Итану приходится отрубить себе фалангу мизинца). Попутно он встречает молодую девушку Мэдисон Пейдж, которая помогает ему оправиться как физически, так и эмоционально. Поскольку между ними завязываются чувства, Мэдисон решает помочь Итану и начинает собственное расследование. Тем временем Джейден и лейтенант Картер Блэйк выходят на двух подозреваемых, но каждый раз выясняется, что они ошиблись. В то же время в полицию обращается бывшая жена Итана, которая признаётся, что после их развода она один раз встретила Итана на улице, и тот рассказал ей, что ему постоянно мерещатся мальчики, тонущие в воде, а спустя несколько дней после этой встречи была найдена очередная жертва. Это заявление выводит Блэйка и Джейдена на психиатра Итана, который рассказывает им о его провалах в памяти, что начались из-за депресси после смерти сына. Блэйк твёрдо уверен — Итан Марс и есть «Мастер оригами». Джейден однако продолжает изучать собранные факты, что заставляет его сомневаться в версии Блэйка. Они начинают выслеживать Итана, и последнему только благодаря помощи Мэдисон удаётся от них сбежать. Играя за четвёртого персонажа, Скотта Шелби, частного детектива, которого наняли родители одного из убитых детей, игрок в какой-то момент начинает играть уже за пятого персонажа, изображающего из себя «Мастера оригами» в детстве. В десять лет у Скотта Шеппарда случилась беда: он и его брат-близнец Джон играли на стройке в прятки, и в какой-то момент Джон провалился в трубу, в которой шёл бурный водяной поток. Скотт не мог вытащить его в одиночку и просил помощи у отца, но тот был пьян и ничего не хотел слышать, из-за чего Джон утонул на глазах у брата. После этого родителей Скотта лишили родительских прав, и мальчика отдали в приёмную семью, где он из Скотта Шеппарда стал Скоттом Шелби. С годами Шелби не мог избавиться от мысли, что если бы не безалаберность их отца, то Джон был бы сейчас жив. Желая узнать, существует ли такой отец, который ради спасения сына пойдёт на всё, что угодно, Шелби начал похищать мальчиков, а их отцам — посылать инструкции для прохождения испытаний (как можно судить по сюжету игры, Итан Марс станет первым отцом, которому удалось спасти сына, если сумеет это сделать). Его работа детектива — всего лишь прикрытие, потому что так он может обнаруживать и устранять улики, которые могут его идентифицировать. Финал игры сконцентрирован на том, смогут ли Итан, Мэдисон и Джейден вовремя найти Шона, чтобы спасти его, а заодно установить, что Скотт Шелби — это «Мастер оригами». Окончательный результат финальных сцен зависит от решений и действий, которые игрок принимал на протяжении всей игры. Из четырёх персонажей трое могут умереть в определённые моменты или потерпеть неудачу в каких-то действиях, что либо не позволит им вовремя добраться до Шона прежде, чем он утонет, либо им не удастся задержать Шелби. Детали эпилога так же зависят от того, какие события какими действиями были вызваны в сюжетной линии. Если какой-то из трёх персонажей умрёт, то игра всё равно продолжится дальше, а его смерть так же влияет как на события игры, так и на события эпилога.